星月菩提小孔不需要剔除，因为这些小孔是自然生长的特征，具有很高的观赏价值和文化意义。星月菩提的小孔有大小之分，大的小孔一般会被人工打孔，形成串珠的效果，增加观赏性和使用价值。因此，在购买星月菩提时，可以根据个人需求和喜好选择有或没有人工打孔的产品，但不需要剔除自然生长的小孔。